Постоянно действующая система повышения квалификации функционирует в университете с 1961 года.
1. 1961 – 1967 гг.
Отделение усовершенствования руководящих и инженерно-технических работников автомобильного транспорта и дорожного хозяйства организовано в 1961 году приказом Минвуза РСФСР № 90 от 16 февраля 1961 г. на основании Постановления Совета Министров РСФСР № 1148 от 30 июля 1960 г. и в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР № 577 от 3 июня 1960 г. Повышение квалификации осуществляется по специальностям, специализациям, курсам, темам и дисциплинам автомобильно-дорожного образования.
2. 1967 – 1978 гг.
На базе Отделения усовершенствования организованы факультеты повышения квалификации:
 Факультет повышения квалификации преподавателей средних специальных учебных заведений организован приказом Минвуза СССР № 362 от 9 июня 1967 г. на основании Постановления Совета Министров СССР и ЦК КПСС № 729 от 3 сентября 1966 г.
 Факультет повышения квалификации преподавателей высших учебных заведений организован приказом Минвуза СССР № 303 от 8 апреля 1968 г. на основании Постановления Совета Министров СССР и ЦК КПСС № 729 от 3 сентября 1966 г.
 Межотраслевой факультет повышения квалификации руководящих работников и специалистов автомобильного транспорта и дорожного строительства организован совместным приказом Минвуза СССР и Минавтошосдора РСФСР № 852/532/к от 29 ноября 1968 г. на основании Постановления Совета Министров СССР № 515 от 6 июня 1967 г.
3. 1978 – 1992 г.г.
 Дополнительно организован еще один факультет:
 Специальный факультет переподготовки кадров по новым  перспективным направлениям науки и техники организован в соответствии с приказом Минвуза СССР № 616 от 7 августа 1972 г. на основании Постановления Совета Министров СССР и ЦК КПСС № 535 от 18 июля 1972 г.
4. 1992 – 1993 г.г.
Приказ ректора № 26о.в. от 30 января 1992г.
 Факультет повышения квалификации преподавателей высших учебных заведений.
 Факультет последипломного образования.
5. 1993 – 1995 г.г.
 Отделение последипломного образования организовано приказом ректора № 285о.в. от 31 августа 1993г. в составе:
 Факультета повышения квалификации работников автотранспортного комплекса.
 Факультета повышения квалификации преподавателей учебных заведений.
6. 1995 г. – по настоящее время.
 Институт повышения квалификации и переподготовки кадров транспортно-дорожного комплекса организован приказом ректора № 43о.в. от 2 февраля 1995г. в составе  подразделений:
 Факультет повышения квалификации специалистов автотранспортного комплекса. 
 Факультет повышения квалификации преподавателей учебных заведений.
 Центр переподготовки и повышения квалификации преподавателей технических университетов и инженерных вузов организован приказом Госкомвуза РФ № 353 от 26 февраля 1996г. и приказом ректора № 62 от 4 марта 1996г.
 В 2007 году в ИПК МАДИ организована Бизнес Школа МАДИ – БШМ.

 У истоков создания системы повышения квалификации стояли два человека – ректор института Афанасьев Л.Л. и Крейнин А.М.
Крейнин Абрам Моисеевич возглавлял систему повышения квалификации в институте с 1961 по 1982 годы в период ее становления и развития, при его непосредственном участии институт стал головным вузом СССР в повышении квалификации специалистов и преподавателей 120 вузов и более 350 техникумов СССР.
С 1961г. по 1968г. Крейнин А.М. – начальник Отделения усовершенствования, с 1968 по 1982 гг. – декан Межотраслевого факультета повышения квалификации и начальник Управления повышения квалификации.
С 1983 по 1991 гг. систему повышения квалификации возглавлял декан межотраслевого факультета повышения квалификации Борисюк Никита Владимирович.
С 1991 г. по 2006 г. систему повышения квалификации возглавлял директор института повышения квалификации Артемьев Владимир Сергеевич.
С 2007 г. по настоящее время систему повышения квалификации возглавляет Герами Виктория Дарабовна – директор ИПК МАДИ, доктор технических наук, профессор.
Деканом факультета повышения квалификации преподавателей средних специальных учебных заведений с 1967 по 1988 гг. был
Ерецкий Марк Исаакович, а с 1988 по 1992 годы – Белов Роман Витальевич.
Деканом факультета повышения квалификации преподавателей вузов с 1968 по 1972 гг. был Киселев Александр Семенович, с 1972 г. по 1985 г. деканом ФПКП вузов была Струве Наталья Эрнестовна, С 1985 по 1988 годы деканом был Навроцкий Константин Леонидович, с 1988 по 1992 годы деканом был Напольский Георгий Михайлович, а с 1992г. по 1995г. руководство ФПКП осуществлял декан ФПК Артемьев Владимир Сергеевич, с 1995 г. по апрель 2009 года деканом был Шкицкий Юрий Петрович. С апреля 2009 года по настоящее время исполняет обязанности декана Сазонова Зоя Сергеевна.
Деканом специального факультета с 1978 по 1991 гг. был Брянский Юрий Александрович.
Центр переподготовки и повышения квалификации преподавателей технических университетов и инженерных вузов с 1996 г. до октября 2008 года возглавлял директор Шкицкий Юрий Петрович, а с октября 2008 года по настоящее время директор Сазонова Зоя Сергеевна.